厦门市新店中学创办于1959年9月，原名“福建省同安第五中学”，校址设在当时的新店公社洪厝大队，属洪钟中心小学的附设初中，最初只有3名教职工，招收初一年1个班，生数53人，第一任校长由洪钟中心小学校长蒋才培先生暂代；1960年3月，与中心小学脱钩，柯国华先生任第一副校长；1960年9月校址迁至新店公社所在地——新店村，即现学校地址，暂借3间民房做为教室和宿舍，开班教学；1966年建设1座有8间教室的两层石结构教学楼，教职工14人，至此，才初具开办初级中学的规模；1966年底，易名为“燎原中学”，1970年恢复原名；1970年2月增设高中部，成为完全中学；1997年8月同安县建制调整为同安区，更名为“厦门市同安第五中学”；2002年12月经厦门市政府批准，更名为“厦门市新店中学”。2004年4月被确定为省三级达标中学，2006年2月被确定为省二级达标中学。

    学校现有占地面积111034㎡（166亩），校舍建筑面积24260㎡。现有教学班48个，初中20个，高中28个；在校生总数2359人，寄宿生1444人。学校现有教职员工190人（其中专任教师176人，教辅人员7人，工人7人），高级教师44名，中级教师72名。国家级骨干教师1名，省级2名，市级11名，区级6名。现有课题研究任务38个，其中国家级1个，市级5个，区级3个，校级29个。