厦门市新店中学创办于1959年9月，原名“福建省同安第五中学”，校址设在当时的新店公社洪厝大队，属洪钟中心小学的附设初中，最初只有3名教职工，招收初一年1个班，生数53人，第一任校长由洪钟中心小学校长蒋才培先生暂代；1960年3月，与中心小学脱钩，柯国华先生任第一副校长；1960年9月校址迁至新店公社所在地——新店村，即现学校地址，暂借3间民房做为教室和宿舍，开班教学；1966年建设1座有8间教室的两层石结构教学楼，教职工14人，至此，才初具开办初级中学的规模；1966年底，易名为“燎原中学”，1970年恢复原名；1970年2月增设高中部，成为完全中学；1997年8月同安县建制调整为同安区，更名为“厦门市同安第五中学”；2002年12月经厦门市政府批准，更名为“厦门市新店中学”。2004年4月被确定为省三级达标中学，2006年2月被确定为省二级达标中学。
    学校现有占地面积111034㎡（166亩），校舍建筑面积24260㎡。现有教学班48个，初中20个，高中28个；在校生总数2364人，寄宿生1444人。学校现有教职员工190人（其中专任教师176人，教辅人员7人，工人7人），高级教师44名，中级教师72名。
    学校创办五十年来，学校坚持“全面贯彻教育方针，全面推行素质教育，努力办人民满意的优质学校”的办学宗旨，秉乘“诚信厚德 睿智思远”的校训，培养出初、高中毕业生近3万人，遍布祖国和海外各地。他们中有硕士、博士、博士后，有全国劳动模范、全国优秀教师，也有省、市、区社会各阶层的领导干部。1986年高考，洪天真同学（现博士后）以居全县第三名的成绩考取清华大学，获得了县“柯朝阳奖学金”，这是学校第一次获此殊荣；1999年高考，张辉极同学以居同安区第四名的高分又一次荣获了区“柯朝阳奖学金”。为此，学校当时被誉为“山沟沟里飞出了金凤凰”。2004年高考，陈三本同学总分居翔安区理科第一名。
    近年来，学校先后荣获了省“校务公开示范单位”、 省“模范职工之家”、省“中小学体育先进集体”、省传统体育特色校；市“文明学校”、市初中教学质量优秀奖、市“绿色学校”、市“主课堂渗透法制教育示范校”、市“实施小公民道德建设计划先进集体”、市“推行办事公开示范单位”、市“艺术教育先进单位”、市“先进职工之家”、市“工人先锋号”、市“巾帼文明岗”、市“竞技体育后备培养输送先进单位”；学校被确定为“全国教育科学规划教育部规划课题重点子课题实验基地”、市“中学学科实验基地”、市“少年儿童田径训练基地”。